本研究生院的前身----人文科学研究生院佛教学专业硕士课程设立于1952年，博士课程设立于1957年。其目标是使学生在各自的专业领域中成为独当一面的研究人员，以及培养与其专业相关的丰富学识。正如"佛教学专业"的字面意思，本研究生院以本校佛教学部(相当于国内大学的学院)的禅学科和佛教学科等两大学科为基础。因此，专业领域不仅涵盖了与两大系学科相关的曹洞宗宗学、一般禅学、禅宗史，而且广泛涉及佛教广大传播地区的宗教、哲学、文化研究（例如印度、西藏、中国、朝鲜、日本等地的佛教、佛教史研究、宗教流派研究以及巴利文、梵文、藏文、中文等的原典研究）。另外，也有一些研究学生从事学术层面上传道教化以及宗教学、宗教民俗学、宗教人类学等相关领域的研究。

本研究生院拥有多位教学经验丰富、研究成果丰硕的教授，可以为这种多样化的研究提供指导。与禅学、佛教学以及宗教学相关的广大领域可以说是本研究生院的专长领域。本研究生院近来的一个显著趋势是，在学院前身----人文科学研究生院佛教学专业修完博士课程，并取得"课程博士学位"的学生人数不断增加。可以说，这一趋势正是对文部科学省提出的进一步充实研究生院教育的方针的完美回应。当然，无论是取得了博士课程学分的无学位人员，还是完成了硕士课程的学研究生，都可以通过继续开展研究以及积累研究成果来打开通往"论文博士"的大门。

在本研究生院，一些拥有丰富人生阅历并通过"社会人员考试"入学大学本科的学生，在本科毕业后选择了继续攻读研究生院硕士课程，与年轻的学子们一同营造了令人兴奋且充满活力的研究环境。另外，也有驹泽大学以外的大学毕业生进入本研究生院学习，与外界自由进行学术交流的势头十分活跃。佛教研究目前在世界范围内广泛开展，除了来自韩国、中国、台湾等邻近国家和地区以及东南亚与佛教密切相关国家的留学生外，也有不少来自欧美等国的公费留学生，其中一些已顺利取得了课程博士学位。