人文科學研究所設有碩士課程和博士課程，分別開設了日本文學、英美文學、地理學、歷史學、社會學、心理學六大專業。
在這六大專業中，分別按領域、時代、地區配備了多位擁有豐富研究成果和教育經驗的導師，以小班教學的形式開展細緻的教學和研究指導。能夠在多個領域為學生提供研究指導，學生可以根據自己的研究主題和課題找到相應的導師。
日本文學專業是駒澤大學最早開設的專業之一，於1952年設置碩士課程，到目前為止共培養了200餘位碩士研究生。之後於1967年設置博士課程，畢業生就職範圍包括大學和短期大學的專職教師等，活躍於各個地區和領域。

英美文學專業設有碩士課程和博士課程。在碩士課程中，英國文學、美國文學、英語學分別由各自學術領域最高水準的教授負責研究教學，並根據學生研究的專業主題提供詳盡指導。

地理學專業於1966年4月設置碩士課程和博士課程，擁有50年以上歷史。教師的專業領域涵蓋自然地理學、人文地理學、地誌學等地理學的眾多領域。

歷史學專業設有碩士課程和博士課程，形成了日本史學、東洋史學、西洋史學和考古學四大課程體系。各類課程的修習科目包括專項講座和實踐。專項講座旨在打下橫跨多領域的學術研究基礎，培養滿足社會基本需求（如教育機構或研究機構需求）的優秀能力。同時，還將透過實踐對本專業傳統實證史學的深入學習加以指導，使學生具備運用不同視角的歷史資料創作論文的研究能力。

社會學專業將培養學生對社會進行客觀科學分析並處理各種社會問題的專業能力，以社會學和社會福祉學為兩大支柱領域構建課程體系，使學生今後能夠將豐富的專業知識應用到工作中。

心理學專業是始於1960年代的「禪冥想科學研究」的基礎。現有心理學課程和臨床心理學課程兩大獨立課程體系。