本研究所的前身----人文科學研究所佛教學專業碩士課程設立於1952年，博士課程設立於1957年。其目標是使學生在各自的專業領域中成為獨當一面的研究人員，以及培養與其專業相關的豐富學識。正如「佛教學專業」的字面意思，本研究所以本校佛教學部（相當於國內大學的學院）的禪學科和佛教學科等兩大學科為基礎。因此，專業領域不僅涵蓋了與兩大學科相關的曹洞宗宗學、一般禪學、禪宗史，而且廣泛涉及佛教廣大傳播地區的宗教、哲學、文化研究（例如印度、西藏、中國、朝鮮、日本等地的佛教、佛教史研究、宗教流派研究以及巴利文、梵文、藏文、中文等的原典研究）。另外，也有一些研究生從事學術層面上傳道教化以及宗教學、宗教民俗學、宗教人類學等相關領域的研究。

本研究所擁有多位教學經驗豐富、研究成果豐碩的教授，可以為這種多樣化的研究提供指導。與禪學、佛教學以及宗教學相關的廣大領域可以說是本研究所的專長領域。本研究所近來的一個顯著趨勢是，在學院前身----人文科學研究所佛教學專業修完博士課程，並取得「課程博士學位」的學生人數不斷增加。可以說，這一趨勢正是對文部科學省提出的進一步充實研究所教育方針的完美回應。當然，無論是只修完博士課程學分的學生，還是完成了碩士課程的研究生，都可以透過繼續開展研究以及積累研究成果來打開通往「論文博士」的大門。

在本研究所，一些擁有豐富人生閱歷並透過「社會人士考試」入學大學本科的學生，在本科畢業後選擇了繼續攻讀研究所碩士課程，與年輕的學子們一同營造了令人興奮且充滿活力的研究環境。另外，也有駒澤大學以外的大學畢業生進入本研究生院學習，與外界自由進行學術交流的趨勢十分活躍。佛教研究目前在世界範圍內廣泛開展，除了來自韓國、中國、臺灣等鄰近國家和地區以及東南亞與佛教密切相關國家的留學生外，也有不少來自歐美等國的公費留學生，其中一些已順利取得了課程博士學位。